Irys tecnologia bionano genomics , irys

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Irys Tecnologia Irys Workflow Preparazione del campione ed etichettatura kit IrysPrep offrono tutti i reagenti necessari per etichettare il vostro DNA a specifici motivi di sequenza per l'imaging e l'identificazione in IrysChips. Ci sono una varietà di tecniche che sono utili per il DNA etichettatura. Alcuni sono basati su reazioni enzimatiche; altri sono basati sulla etichettatura con piccole molecole sequenza-specifiche. Un metodo preferito stiamo facendo a disposizione utilizza un endonucleasi intaccare per creare un taglio singolo filamento nelle lunghe molecole di DNA in un sito riconoscimento specifico, ovunque si manifesti nel genoma. nucleotidi fluorescente sono poi incorporate per riparare i nick singolo filamento con una polimerasi. Questi passaggi di etichettatura si traducono in un modello specifico sequenza identificabile in modo univoco di etichette da utilizzare per il montaggio de novo mappa o per l'ancoraggio contigs sequenziamento. Prevediamo commercializzazione di kit con altre tecniche di etichettatura in futuro. Linearizzazione e Imaging Un campione di DNA marcato è pipettati sul IrysChip in uno o entrambi flowcells. Il sistema Irys controlla il movimento del DNA nella cella a flusso elettroforeticamente. Un gradiente di micro - e nano-strutture, a monte del nanocanali del IrysChip, si dipana il DNA in soluzione e supera la barriera entropica di confinare gli acidi nucleici cromosomica di lunghezza all'interno dei nanocanali. La corrente è transitoriamente spento e le molecole in soluzione sono stazionari e allungato in modo uniforme. A questo punto l'imaging avviene, catturando ad alta risoluzione, le immagini a singola molecola del DNA marcato che contiene motivi di sequenza lungo centinaia di kilobases a più di un megabase, in una singola molecola contigua. Una volta ripreso, le molecole sono lavata e il processo viene ripetuto, permettendo l'imaging di diversi gigabasi di DNA all'ora. L'ambiente nanofluidic permette molecole di muoversi rapidamente attraverso migliaia di canali paralleli contemporaneamente, consentendo l'elaborazione high-throughput per costruire una mappa del genoma più accurata. Questo approccio rivela informazioni biologiche significativo che viene spesso interrotto o completamente perso quando le molecole vengono tosati, tra cui: Architettura di ordine e la disposizione delle regioni funzionali, nonostante la presenza di elementi ripetitivi che confondono altre tecnologie Contesto che delinea con precisione le relazioni tra gli elementi Le interazioni tra i singoli o raccolte di elementi del genoma di misura diretta, piuttosto che l'inferenza modificazioni epigenetiche che si verificano in tutto il genoma De Novo Genoma Map Assembly dati immagine grezzi di molecole di DNA lunghe marcate vengono convertiti in rappresentazioni digitali del modello specifica etichetta-motif. Questi dati vengono poi assemblate de novo utilizzando software di analisi dati IrysView ricreare una mappa intero genoma consenso del genoma originale. Avere una mappa del genoma in mano consente una serie di analisi, tra cui finitura sequenza e la rilevazione variazione strutturale. Teoria Ponteggio ibrida di funzionamento Variante strutturale Calling Teoria di funzionamento